Así nació....

Este espacio nació de la curiosidad, una tarde de primavera en la que pensaba si alguien más sería curioso como yo de la ciencia. Me interesa la naturaleza, todo lo que engloba en general, desde el nacimiento mismo de un ser hasta su reproducción y muerte, desde la evolución, hasta el porqué de un descubrimiento, me atraen los fósiles, que encierran una historia misteriosa para esta sociedad, me preocupa el calentamiento global, los desastres ecológicos del mundo, en general es mi preocupación el mundo entero.

Me gustaría que cada persona que entra por curiosidad en este sitio aprenda lo valioso del universo, que coloque un granito de arena con su proceder y salvemos esta tierra tan maravillosa, ya que todos somos parte de esta biodiversidad.

lunes, 12 de julio de 2010

Eclipse total de sol se observó al atardecer en la Patagonia en El Calafate

Ciudadanos de la ciudad santacruceña de El Calafate fueron los unicos en Argentina que pudieron disfrutar hoy del impresionante fenomeno estelar. Desde otras regiones de la Patagonia el eclipse pudo observarse apenas. Mientras tanto El Calafate quedó a oscuras en plena tarde, cuando la luna se interpuso entre el sol y la Tierra en el final del eclipse. Esta alineación del Sol con la Luna y la Tierra en el espacio no podrá volver a apreciarse hasta el año 2020 en nuestro país. Se percibió a lo largo de una estrecha franja que ocupó un area del Oceano Pacífico, incluyendo la Isla de Pascua en Chile. La villa turistica patagonica, cordillerana de El Calafate, ubicada al oeste de Santa Cruz, fue la unica que pudo observar el fenomeno totalmente, el cielo estaba despejado. Sobre la Patagonia el eclipse mostró el mas alto porcentaje del diámetro solar cubierto por la Luna: 98% en la ciudad de Río Gallegos (Santa Cruz), el 70% en Neuquén (Neuquen) y el 78% en la ciudad chubutense de Rawson, la cual fue afectada hoy por una sudestada.

En Rawson, sólo pudo observarse el fenomeno en areas que mantuvieron el horizonte del Noroeste completamente claro, ya que el eclipse total ocurrió durante el ocaso.

Sobre Buenos Aires el momento culminante fue en la puesta del Sol, cuando el satélite natural tapó el 42% del diámetro solar con un "mordisco" lunar negro a su izquierda.

José Luis Hormaechea, en representacion de la Estación Astronómica Río Grande, ubicada en la provincia patagonica de Santa Cruz, señaló a los medios que el fenómeno transcurrió durante el lapso de "más de una hora", iniciando en El Chaltén a las 4:44 PM, del mismo modo que en El Calafate (ciudades vecinas), mientras que en Río Gallegos, capital provincial (Santa Cruz), lo hizo un minuto después.

En Puerto Deseado el ecplise dio inicio a las 16:51 horas, en tanto que en San Julián y Piedra Buena ocurrió a las 16:49 y 16:47 respectivamente.

En el resto de Argentina el eclipse fue parcial entre las 17 y 18, a baja altura sobre el horizonte. Fue casi imperceptible el Norte: en la provincia de Salta, por ejemplo, la Luna cubrió apenas el 26% del diámetro del Sol; mientras que en San Miguel de Tucumán, ocupó el 32%; en la provincia de Córdoba el 44%, y en la provincia de Mendoza el 54%.

Santa Rosa en La Pampa, observó el 59% del eclipse solar.

En la Capital Federal, el mal clima tapó el fenomeno, mas allá de la lluvia, el eclipse ocurrió al atardecer y a poca altura sobre el horizonte, por este motivo sólo pudo ser visto desde edificios altos y sin obstáculos visuales.

De acuerdo a la Agencia DyN, "El momento culminante fue la puesta del Sol, minutos antes de las 18, cuando la Luna tapó el 42% del diámetro solar con un gran "mordisco" lunar negro a su izquierda".

Eclipse Solar:

Un eclipse solar es el fenómeno que se produce cuando la Luna oculta al Sol, desde la perspectiva de la Tierra. Esto sólo puede pasar durante la luna nueva (Sol y Luna en conjunción).
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Existen cuatro tipos de eclipse solar:

* Parcial: la Luna no cubre por completo el disco solar que aparece como un creciente.

* Semi Parcial: la Luna casi cubre por completo el Sol, pero no lo consigue.

* Total: desde una franja (banda de totalidad) en la superficie de la Tierra, la Luna cubre totalmente el Sol. Fuera de la banda de totalidad el eclipse es parcial. Se verá un eclipse total para los observadores situados en la Tierra que se encuentren dentro del cono de sombra lunar, cuyo diámetro máximo sobre la superficie de nuestro planeta no superará los 270 km, y que se desplaza en dirección este a unos 3.200 km/h. La duración de la fase de totalidad puede durar varios minutos, entre 2 y 7,5, alcanzando algo más de las 2 h todo el fenómeno, si bien en los eclipses anulares la máxima duración alcanza los 12 minutos y llega a más de 4 h en los parciales, teniendo esta zona de totalidad una anchura máxima de 272 km y una longitud máxima de 15.000 km.

* Anular: ocurre cuando la Luna se encuentra cerca del apogeo y su diámetro angular es menor que el solar, de manera que en la fase máxima permanece visible un anillo del disco del Sol. Esto ocurre en la banda de anularidad; fuera de ella el eclipse es parcial.

Para que se produzca un eclipse solar la Luna ha de estar en o próxima a uno de sus nodos, y tener la misma longitud celeste que el Sol.

Cada año suceden sin falta dos eclipses de Sol, cerca de los nodos de la órbita lunar, si bien pueden suceder cuatro e incluso cinco eclipses. Suceden cinco eclipses solares en un año cuando el primero de ellos tiene lugar poco tiempo después del primero de enero. Entonces el segundo tendrá lugar en el novilunio siguiente, el tercero y el cuarto sucederán antes de que transcurra medio año, y el quinto tendrá lugar pasados 345 días después del primero, puesto que ese es el número de días que contienen 12 meses sinódicos.

Por término medio sucede un eclipse total de Sol en el mismo punto terrestre una vez cada 200-300 años. Para que suceda un eclipse de Sol, es preciso que la Luna esté en conjunción inferior (Luna nueva) y además que el Sol se encuentre entre los 18º 31´ y 15º 21´ de uno de los nodos de la órbita lunar.

La mayor o menor distancia de la Luna a su perigeo va a determinar que el eclipse sea total o anular, como se explica en la figura 2. Los valores extremos para el perigeo y apogeo lunares en el siglo XXI, tomados del Anuario del Observatorio Astronómico de Madrid, son los siguientes:

* Perigeo lunar: entre 356.375 km y 370.350 km

* Apogeo lunar: entre 404.050 km y 406.712 km

Considerando los valores extremos de los anteriores resulta que la distancia de la Luna a la Tierra variará en nuestro siglo en 50.337 km como máximo, cantidad importante que supone unos 4 minutos de arco para el diámetro angular lunar, en más o en menos, un 8% del diámetro angular medio de nuestro satélite.

La magnitud de un eclipse solar es la fracción del diámetro solar ocultado por la Luna, mientras que el oscurecimiento se refiere a la fracción de la superficie solar que queda oculta. Son cantidades completamente distintas. La magnitud puede darse en forma decimal o como un porcentaje: hablaremos indistintamente de una magnitud 0,2 o del 20%, por ejemplo. Si el eclipse es total se considera el cociente entre los diámetros angulares lunar y solar. En el momento de la totalidad este cociente valdrá 1, o más, en el caso de una Luna nueva muy próxima al perigeo. Por otra parte, no puede darse una correspondencia única entre magnitud y oscurecimiento porque debido a la variable distancia Tierra-Luna varía asimismo el diámetro angular de ésta y a eclipses de igual magnitud no les corresponde siempre un mismo oscurecimiento. Esto se representa -de forma muy exagerada- en la figura 3: tanto en A como en B la magnitud es de 0,5 -oculta la mitad del diámetro solar-, pero el oscurecimiento -fracción de superficie solar tras la Luna- es mayor en A que en B. En la tabla de eclipses se dan las magnitudes de los eclipses solares hasta el año 3698.

En un eclipse los centros del Sol, la Tierra y la Luna están totalmente alineados, estando la Luna siempre cerca de la línea que une la Tierra y el Sol. Si la órbita de la Luna estuviese sobre la eclíptica (plano de la órbita de la Tierra), en cada revolución lunar daría lugar a un eclipse de sol durante el Novilunio y a un eclipse de luna durante el Plenilunio, al cabo de unos 15 días. En realidad el plano de la órbita lunar está inclinado respecto a la eclíptica un ángulo de 5°08'13", lo que motiva, las más de las veces, que la Luna pase por encima o por debajo del Sol o por arriba o debajo del cono de sombra de la Tierra sin que tenga lugar el eclipse. Solo habrá eclipses en las sicigias (palabra que engloba las conjunciones y oposiciones del Sol y la Luna) cuando el Sol esté cerca de los Nodos de la Luna o puntos en que la órbita lunar corta a la Eclíptica. Este nombre proviene de que los eclipses siempre ocurren en la proximidad a dicho plano. Si la alineación es bastante perfecta, la Luna está muy cerca del nodo durante la sicigia, o su latitud no excede de un determinado valor, ocurre un eclipse total. Si la coincidencia no es completa por no estar la Luna sobre la eclíptica, aunque sí cerca de ella, se produce un eclipse parcial, quedando el Sol parcialmente oculto por la Luna (eclipse parcial de Sol) o ésta parcialmente inmersa en el cono de sombra de la Tierra (eclipse parcial de luna).

Por más de cuatro minutos la Isla de Pascua se apagó en exitoso eclipse de Sol

Relata generaccion.com: "Llegó el día. Desde la noche anterior muchos científicos intentaron instalar sus instrumentos para ver el eclipse, pero la lluvia no se los permitió. Por eso, desde las 4 de la mañana llegaron los primeros grupos de científicos a la playa de Anakena y más tarde al Tahai y Ahu Hakiri. La lluvia del día anterior dio paso a cielos cubiertos en la mañana en Rapa Nui y con sólo atisbos de la presencia del Sol. Sin embargo y como tanto esperaban científicos, turistas y pascuenses, el Sol se fue imponiendo con el correr de las horas y las nubes fueron cada vez menos".

Llegó el día. Desde la noche anterior muchos científicos intentaron instalar sus instrumentos para ver el eclipse, pero la lluvia no se los permitió.

Por eso, desde las 4 de la mañana llegaron los primeros grupos de científicos a la playa de Anakena y más tarde al Tahai y Ahu Hakiri.

La lluvia del día anterior dio paso a cielos cubiertos en la mañana en Rapa Nui y con sólo atisbos de la presencia del Sol. Sin embargo y como tanto esperaban científicos, turistas y pascuenses, el Sol se fue imponiendo con el correr de las horas y las nubes fueron cada vez menos.

MINUTO A MINUTO

16.14- Durante los más de cuatro minutos que duró el eclipse en el Tahai nadie se acordó del nerviosismo que tenían por el clima. Como dicen en la isla, acá siempre hay una fuerza que se impone en los grandes eventos. Y en los cuatro minutos ninguna nube interrumpió el fenómeno.

16.10- Está ocurriendo. La Luna tapó completamente el sol y sólo deja ver su corona. El momento que los cientificos esperaban para estudiar esa parte del sol. La gente empieza a gritar y a aplaudir. El espactaculo es único. Se oscureció y el horizonte parecía una puesta de sol perfecta. Como dijo Mike Serra, cientifico español: "nadie puede morirse sin ver un eclipse total de sol".

16.07- En estos momentos pasa una nube sobre el Sol. Sólo falta un minuto. Se forma una especie de nebulosa. La gente grita.

16.05- A través de los lentes el Sol es sólo una linea naranja. La luz llega al 50% en el Tahai. Sigue llegando gente con lentes puestos y cámaras de foto en la mano. Ya deben haber unas 2.500 personas. Sólo faltan unos minutos para el eclipse total..

16.03- En el horizonte hay una gran cantidad de nubes grises, y los rapa nui presagia que la gente que fue a ver el eclipse al Tere vaKa es posible que no lo hagan visto.

16.00 - La gente poco a poco va tomando posición, ya pararon los bailes y las compras en la feria artesanal y todos apuntan la vista hacia arriba porque queda muy poco de Sol. Está totalmente despejado, sólo hay algunas nubes en el horizonte, pero la gente duda que alcancen a llegar, pese al viento reinante en Rapa Nui.

15.55 - La gente comienza a ponerse los lentes para ver la oscuridad total. Comenzó la cuenta regresiva. Faltan 5 minutos para el eclipse total.

15:52 - El Sol está como un plátano. Nubes que pasan y tapan el Sol repentinamente generan exclamaciones entre los visitantes, pues se oscurece repentinamente y la gente cree que llegó la oscuridad total, pero aún falta... Crece la expectación.

15:46 - Con camisa roja floreada y junto a sus dos hijos, la alcaldesa de isla de Pascua, Luz Zasso, dijo que "estamos muy contenos, porque tenemos un día precioso, sólo con un poco de viento. La gente se ha comportado increíbe".

15:30 - Francisco Ika, guardaparques de Conaf dice que hasta el momento todo está tranquilo y que un complejo operativo en que participan junto a Carabineros, contingente de la PDI y particulares guiados por la municipalidad ha permitido que no se hayan registrado problemas ni daños al patrimonio. “La gente que viene a ver los eclipses es otro tipo de turista, la mayoría son cientificos y al margen de la campaña de información que hicimos, la mayoría sabe que los ahus están protegidos por ley y que son centros ceremoniales.

15.25 - La luna lentamente comienza a interponerse entre el Sol y La Tierra. El Sol parece un pacman o una ficha de taca taca. Turistas y personas ubicadas en el Tahai están observando el eclipse en Rapa Nui y la minoría aún con lentes para ver el eclipse. Están más preocupados de sacar fotos y acomodar los instrumentos.

15.19 - (13.19 en Isla de Pascua): A esta hora unas dos mil personas entre turistas y científicos observan el comienzo del eclipse en el mirador Tahai, uno de los tres lugares donde masivamente se está mirando el eclipse total de sol en Rapa Nui.

BWN Patagonia

sábado, 19 de junio de 2010

UNA BUENA NOTICIA DE LA PROVINCIA DEL CHUBUT

Ratifican y buscan ampliar la protección de las ballenas


El gobierno del Chubut envió una nota a la Cancillería argentina, firmada por el gobernador Mario Das Neves, en la que ratificó "su política y compromiso con la conservación de las ballenas" y solicitó que en la 62º Reunión de la Comisión Ballenera Internacional, que se realizará desde el lunes próximo en Marruecos, tenga "una posición contundente" ante la iniciativa de establecer cupos para los países que capturan cetáceos como Japón, Islandia y Noruega.

La carta enviada por Das Neves al canciller, con copia al consejero de Cancillería Mario Oyarzábal en su calidad de comisionado alterno de la República Argentina ante la Comisión Ballenera Internacional, no hace más que reafirmar la posición de Chubut que tiene como política de Estado la conservación; la cual incluso fue expuesta por el propio gobernador chubutense en el año 2008 en Santiago de Chile cuando representó a la Argentina en la 60º reunión de dicha Comisión y ratificada el 5 de junio pasado al abrir la temporada de avistajes de ballenas 2010 desde Puerto Pirámides.

Compromiso
"El Gobierno de la Provincia del Chubut, desea ratificar por medio de esta nota su política y compromiso con la conservación de las ballenas, y solicita a la Cancillería Argentina, como representante, junto a los países latinoamericanos, del llamado ¨Grupo de Buenos Aires¨ (GBA), que en la 62ª Reunión de la Comisión Ballenera Internacional (CBI) que tendrá lugar en Agadir, Marruecos, entre el 21 y el 25 de junio próximo, tenga una posición contundente en relación a la reforma del artículo V (reservas y objeciones), del artículo VIII (caza científica), y la consideración de las amenazas actuales a la conservación de la ballena (cambio climático, contaminación marina, captura incidental, entre otros)", dice textualmente el primer párrafo de la carta enviada por Das Neves al ministro de Relaciones Exteriores, Comercio Internacional y Culto.

En su misiva Das Neves agrega que si bien "sabemos que la especie de las ballenas francas se está recuperando" remarca que "existen otras amenazas como la contaminación en todas sus formas, la falta de alimento, la sobrepesca, el cambio climático y sus efectos de cambio de temperatura y la acidificación de las aguas"; problemas que junto a otros el gobernador indica que "deben ser tratados en esta reunión".

FELIZ DÍA PAPÁ


Se que no hace falta que te recuerde que te amo... pero es que en estos días uno piensa lo mucho que hacen los padres por cada uno.
Y yo no tengo nada más que agracecerte lo que día a día haces para que me forme como persona.
Tengo que agradecer las conversaciones que tenemos a diario para que comprenda lo que es vivir sin apurarse, las conversaciones que tenemos cuando tengo alguna duda o simplemente cuando te sientas a ayudarme a hacer alguna tarea del secundario.
Tengo que agradecerte tus consejos y enseñanzas y la frase que me ha quedado es:
Antes de poner en movimiento la lengua hay que poner el cerebro en funcionamiento; que cada vez que la pronuncio me río porque a quien se las digo me miran sorprendidos y debo hacerles comprender su mensaje, lo recuerdas la primera vez que me la dijiste?
Gracias Pa!
Te amo! aunque para muchos suene raro, tú nos enseñaste a mi hermana y a mí que amar no es lo mismo que querer... Quien no lo sepa; que pregunte...

Continuamos con el tema y terminamos

El avance logrado con estas técnicas se puede ejemplificar con la secuenciación del genoma humano (ver Cuaderno nº 55). La primera secuenciación ha requerido cientos de máquinas trabajando 24 horas al día, durante 13 años, con un costo de más de 300 millones de dólares. El proyecto empezó en 1990, generando un borrador del genoma en el año 2000 y uno más completo en 2003. Más tarde, la
empresa Celera secuenció el genoma diploide de J. Craig Venter mediante secuenciación de genomas completos (“whole genome shotgun sequencing”), requiriendo 10 años y 70 millones de dólares. Finalmente, el genoma de Watson fue secuenciado en sólo dos meses y un costo de un millón de dólares, usando la maquina “454 Life Sciences”.

A pesar del potencial de las técnicas mencionadas, se están desarrollando actualmente métodos mucho más eficaces que provocarán una revolución en el campo de la genómica. Por ejemplo, la  pectrometría de masas también se puede usar para secuenciar las moléculas de ADN. Las reacciones de terminación de la cadena producen moléculas de ADN de diferentes longitudes y la longitud de esos fragmentos se determina entonces por las diferencias de masa entre ellas (en lugar de utilizar una separación por gel). Otra técnica novedosa es la secuenciación por hibridación, un método no enzimático que usa un chip de ADN. En este método, una única muestra de ADN se marca mediante fluorescencia y se hibrida (por
complementariedad de bases) con una colección de secuencias conocidas. Si el ADN desconocido se hibrida fuertemente en un punto dado de entre las secuencias, sededuce que esa secuencia existe dentro de los ADN desconocidos que son secuenciados.

La reducción del precio de la secuenciación, la mejora de los microprocesadores de las computadoras y las herramientas bioinformáticas permitieron completar la secuenciación de más de 1000 genomas de bacterias y arquibacterias, más de 500 eucariotas y un número aún mayor de orgánulos, virus, plásmidos y viroides.

Estadística de Proyectos de secuenciación genómica
Fuente: NCBI, revisado el 23 Abril 2010


Todo esto demuestra que la era genómica está en pleno auge, no sólo por las nuevas tecnologías, sino también porque sólo un pequeño número de genomas han sido secuenciados por el momento, cuando se compara con la enorme cantidad de entidades biológicas que ocupan nuestro planeta. De modo que se pueden esperar grandes avances en la secuenciación genómica en los próximos años .

Gracias profe por alimentar mi curiosidad!!!

Los secuenciadores automáticos

Existen algunas variaciones del método de secuenciación de terminación de la cadena de Sanger que permiten la optimización de dicha técnica. Una de ellas es la secuenciación por terminador fluorescente, en la cual se marca cada uno de los cuatro ddNTPs que terminan la cadena con un colorante fluorescente diferente, los cuales fluorescen a diferentes longitudes de onda.
Se realizan cuatro reacciones de secuencia separadas, cada con un ddNTP terminador con una etiqueta fluorescente distinta. Después, los productos se mezclan y se someten a electroforesis en gel. Mientras que los fragmentos de ADN se desplazan a través del gel, pasan por un rayo láser que excita al compuesto fluorescente. La luz emitida es detectada por un fotomultiplicador, que está conectado con una computadora que colecta y analiza los datos (figura 3).

Figura 3: secuenciación automática de ADN

Fuente: The Cell a Molecular approach, 2ºEd. Geoffrey Cooper. Disponible en
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=cooper&part=A448#A461

El método de secuenciado por terminador fluorescente junto con analizadores de secuencia de ADN de alto rendimiento se utilizan en la actualidad para la mayoría de los proyectos de secuenciación, puesto que es más fácil de llevar a cabo y tiene un costo menor que los anteriores métodos de secuenciación.
La secuenciación de genomas a gran escala


La secuenciación a gran escala se refiere a conocer la secuencia de fragmentos muy grandes de ADN. Esto es necesario en cualquier proyecto genoma en donde el ADN puede estar formado por miles de nucleótidos (genomas bacterianos) a 200 millones de bases (Cromosoma 1 humano).

Dentro de las principales formas de secuenciar a gran escala el genoma, se pueden mencionar dos procedimientos:

• Secuenciación jerárquica (hierarchical shotgun sequencing): el primer paso consiste en construir una “genoteca” por fragmentación del ADN e introducción del mismo en vectores que aceptan grandes insertos, en este caso de BACs. Los fragmentos de ADN representados en la genoteca son organizados en un mapa físico y los clones individuales son seleccionados y secuenciados para lo cual se hace una nueva genoteca de trozos más pequeños («shotgun library»). La secuencia de los clones se ensambla
finalmente para reconstruir la secuencia del genoma (figura 4 a)

http://www.argenbio.org/adc/uploads/libro/22_VII_1.pdf

• Secuenciación de genomas completos (whole genome shotgun sequencing):
En este método el genoma completo es cortado en pequeños fragmentos de ADN. A diferencia del método anterior no se utilizan mapas físicos como referencia para ordenar los fragmentos. Así, cada fragmento es secuenciado primero y las secuencias solapantes se ubican juntas para crear
un contiguo. Para lograr el solapamiento, los fragmentos de ADN deben ser secuenciados varias veces (Figura 4 b)

Figura 4b
Figura 4: métodos de secuenciación a gran escala. A) secuenciación jerárquica. B) secuenciación de genoma completo.
Nuevos métodos de secuenciación: secuenciación de alto rendimiento


La elevada demanda de secuenciación de bajo costo ha dado lugar a distintas tecnologías de  secuenciación de alto rendimiento. Estos emprendimientos han sido financiados por instituciones públicas y privadas así como desarrolladas y comercializadas por empresas privadas. Éstas permiten una secuenciación más barata y eficiente, a pesar de obtener fragmentos de menor tamaño. Así, las
secuencias obtenidas requieren el empleo de potentes herramientas informáticas para su ensamblaje. Actualmente, los sistemas de nueva generación disponibles en el mercado son el método 454 de Roche, Solexa de Illumina y SOLiD de Applied Biosystems.

La mayoría de los métodos utilizan un paso con clonación in vitro para generar muchas copias de cada molécula individual, ya que los métodos de detección molecular frecuentemente no son lo suficientemente sensibles para la secuenciación de una sola molécula.

Uno de los métodos es la PCR de emulsión, en la que se aíslan las moléculas individuales de ADN junto con microesferas. Luego, mediante una reacción de PCR se recubre cada microesfera con copias clonales de la biblioteca de moléculas aisladas y seguidamente se inmovilizan para ser más tarde secuenciadas. La PCR de emulsión se usa en los métodos 454 Life Sciences (adquirido por Roche) (Figura 5),"secuenciación polony (término formado por polimerasa "pol" y colonia "colony"), y la secuenciación SOLiD (adquirida por Applied Biosystems).

Otro método para la amplificación clonal in vitro es la PCR de puente, en la que los fragmentos se amplifican a partir de los cebadores unidos a una superficie sólida, desarrollados y usados por el método Solexa (adquirida por la empresa Illumina).

Estos métodos producen muchas copias de un solo fragmento localizadas físicamente en forma aislada una de otras.
Una vez que las secuencias clonales de ADN se localizan físicamente en posiciones separadas de la superficie, se pueden utilizar diferentes métodos de secuenciación para determinar las secuencias de ADN de todas las localizaciones en paralelo. La secuenciación por síntesis, como en la popular secuenciación electroforética con terminador marcado con colorante, usa el proceso de síntesis de ADN usando la enzima ADN polimerasa para identificar las bases presentes en la molécula
complementaria de ADN. En cambio, en la secuenciación por ligación se emplea una ADN ligasa en lugar de una polimerasa para identificar la secuencia objetivo.

Figura 5: Esquema del método de secuenciación 454


Fuente: Roche. http://www.roche-appliedscience.com/publications/multimedia/genome_sequencer/flx_multimedia/wbt.htm

La comparación de estos métodos de secuenciación de alto rendimiento se pueden

observar en la siguiente tabla:


sábado, 5 de junio de 2010

La secuenciación de genomas

El genoma es el conjunto del material hereditario de un organismo, es decir, todas las instrucciones genéti-    cas para el desarrollo y funcionamiento del mismo y que son transmitidas de generación en generación, de padres a hijos.
En él, además de los genes propiamente dichos, se incluyen regiones espaciadoras, regiones reguladoras, genes que dejaron de ser funcionales y muchas otras secuencias de función o papel todavía desconocido. Además, el genoma es depositario de los cambios (mutaciones) que se han acumulado a lo largo de la
historia evolutiva de la especie y de todas sus antecesoras. En consecuencia, en el genoma se almacena información de inmediata utilidad para el organismo y otra que sirve como registro histórico de su especie y ancestros.

¿Para qué se estudian los genomas?

El estudio de los genomas de organismos de distintas especies y su comparación, permite obtener claves para comprender más de 3000 millones de años de evolución. La secuenciación de genomas de plantas y animales domésticos podría conducir a nuevos avances en la mejora agronómica y ganadera . También permitiría numerosas aplicaciones médicas  y nuevos enfoques dentro de la biotecnología y la biología industrial.

Los primeros pasos

La secuenciación de ADN es un conjunto de métodos y técnicas bioquímicas cuya finalidad es la determina- ción del orden de los nucleótidos (A, C, G y T) en un fragmento de esta molécula. La primera generación
de técnicas para secuenciar el ADN empezó en 1975 con la metodología de Sanger y Coulson, llamada “más y menos” (del inglés, “plus and minus”), la cual necesitaba clonar cada fragmento inicial de “lectura” para producir un ADN de cadena simple.

En 1977, Maxam y Gilbert publicaron la metodología de secuenciación de ADN mediante degradación química. Este método estaba basado en la modificación química y posterior rotura del ADN (Figura 1), y empezó a ser el método de secuenciación más utilizado porque permitía utilizar un ADN purificado sin
necesidad de clonarlo.


Figura 1: método se secuenciación de Maxam y Gilbert (1977) Fuente: http://homepages.strath.ac.uk/~dfs99109/BB211/MGSeq.html

Explicación de la figura: (A) el método requiere marcaje radiactivo en uno de los extremos y la purificación del fragmento de ADN que se desea secuenciar. El tratamiento químico genera rupturas en una pequeña proporción de uno o dos de los cuatro nucleótidos en cada una de las cuatro reacciones (G, A+G, C, C+T). Luego, se realiza el tratamiento con piperidina a 90ºC para clivar el enlace azúcar-fosfato en los sitios orres- pondientes. De ese modo se genera una serie de fragmentos a partir del extremo marcado radiactivamente
hasta el primer lugar de corte en cada molécula. (B) Los fragmentos posteriormente se separan por tamaño mediante electroforesis en gel, separando los productos de las cuatro  reacciones en cuatro calles del gel distintas. Para visualizar los fragmentos generados se hace una autoradiografía, lo que provee una imagen de una serie de bandas oscuras correspondientes a los fragmentos marcados con el radioisótopo. A partir de la lectura de estos fragmentos, desde abajo (fragmentos más pequeños) hacia arriba (fragmentos más grades) , se puede inferir la secuencia de ADN de interés.

En 1977 Sanger publicó su método de secuenciación de ADN por síntesis química llamado método de ter- minación de la cadena, el cual se convirtió en el método más utilizado en los siguientes 30 años. En este método se utilizan pocos reactivos tóxicos y cantidades menores de radiactividad que en el método de Maxam- Gilbert, y su característica particular es el uso de didesoxinucleótidos trifosfato (ddNTPs) como terminadores de la cadena de ADN.

Los ddNTPs son desoxinucleótidos de las 4 nucleótidos diferentes (dATP,dTTP, dCTP y dGTP) que carecen de uno de los grupos hidroxilo, de manera que cuando uno de estos nucleótidos se incorpora a una cadena de ADN en crecimiento, esta cadena no puede continuar elongándose ya que la enzima ADN polimerasa necesita un extremo 3’ OH para añadir el siguiente nucleótido, y el ddNTP incorporado carece
de este grupo hidroxilo (Figura 2). Al terminar la elongación de la cadena, se producen varios fragmentos de ADN de longitud variable, los cuales son desnaturalizados por calor y separados por tamaño (con una reso- lución de un solo nucleótido) mediante electroforesis en gel de poliacrilamida - urea. Cada una de las cuatro
reacciones de síntesis se corre en calles individuales (A, T, G y C) y se visualizan las bandas de ADN me- diante autoradiografía o luz ultravioleta. Las bandas obtenidas en el gel corresponden a los fragmentos de ADN de diferentes longitudes. Una banda en una calle indica un fragmento de ADN que es el resultado
de una terminación de la cadena tras la incorporación de un didesoxinucleótido (ddATP, ddGTP, ddCTP o ddTTP). El nucleótido terminal puede ser identificado de acuerdo al didesoxinucleótido que se añadió en la reacción que dio lugar a esa banda. Las posiciones relativas entre las cuatro calles se utilizan entonces para
leer (de abajo a arriba) la secuencia de ADN.


la secuenciación del ADN se utiliza para determinar el orden exacto de las bases en el ADN. El procedimiento utiliza la síntesis de ADN para producir copias de la secuencia diana muy parecida a la polimerización en cadena. Sin embargo, en lugar de sintetizar múltiples copias de la secuencia completa, algunos de los ejemplares se ven obligados a finalizar antes de llegar al final. De hecho, las condiciones se establecen de tal manera que un porcentaje de los ejemplares termina en cada una de las posiciones de base en la secuencia. Este método terminación de la cadena se logra mediante la adición de una pequeña proporción de dideoxinucleótidos (DdNTP) a la reacción de síntesis de ADN estándar, que contiene deoxinucleótidos (dNTPs). Dideoxinucleótidos se hayan modificado químicamente por un extremo por lo que se puede añadir a una nueva cadena, pero nada se puede añadir a ellos. Por lo tanto, el proceso de replicación se detiene cada vez que una de estas bases, se añade. Las copias resultantes, variando de solamente una base de longitud, están separados por electroforesis en un gel polyacrylimide. En caso de transformación de visualizar las copias, un patrón en escalera-como se ve, donde cada uno se retorcía de la escala representa una copia de ADN que difiere de ella por los vecinos de una base.

Figura 2: método se secuenciación de Sanger (1977)
Fuente: Adaptado de National Biological Information Infrastructure (NNBI),
http://www.nbii.gov/portal/server.pt?open=512&objID=402&&PageID=571&mode=2&in_hi_userid=2&cached=true

En próxima entrada seguiré con el tema.

AGRADECIMIENTO

Aunque Ustedes no lo sepan este blogs tiene una persona muy especial que acompaña mi curiosidad, ella me ha pedido que no le de las gracias, pero cómo no hacerlo si através de ella voy aprendiendo algunas cosas de Ciencias, ella como diría mi padre es una hada que acompaña mi conocimiento y saca mis dudas en ocaciones.
Por ella me llegan notas muy interesantes que leo en mi correo y elijo para subir y compartir con cada uno de ustedes. Sé que cuando lea esta entrada se dará cuenta que a ella le quiero dar las GRACIAS, que a pesar de conocernos poco, ya que este año comencé a caminar a su lado aprehendiendo la aprecio mucho.
Las Ciencias ha sido un tema que siempre me ha gustado y desde hace un año que tengo el blogs he aprendido muchas cosas interesantes y gracias a mis seguidores también he crecido, agradezco a cada uno de ellos por estar a mi lado acompañando este blogs.
También quiero darles las gracias a: Carolina, Beni, Judhit, María, Anna Pardo, Balovega, Jaime y mis padres y hermana.

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Curriculum vitae

El diario Crónica de Comodoro Rivadavia dice en una nota “Con una profusa producción literaria pese a su corta edad, Nahuel Andres Bravo Cuello sigue trabajando en nuevas obras y participado de diferentes convocatorias nacionales que, merced a la calidad de sus escritos, le han otorgado menciones especiales; invitaciones a encuentros literarios- como el que se ha realizado en la localidad cordobesa de Alta Gracia- y su nombre se suma ya a dos libros antológico.

El pequeño gran escritor tiene una guía artística familiar que, según se observa, ha sabido capitalizar en sus propias creaciones. Nahuel Andres es hijo de Susana Cuello y Juan José Bravo dos trabajadores culturales que pese a que hoy residan en la provincia de Buenos Aires, siguen unidos a nuestra ciudad por fuerte lazos que han sabido construir gracias al esfuerzo personal y su actividad cotidiana a favor de contener y transmitir desde las letras.

Como único participante de su edad en la convocatoria realizada por el Movimiento Literario Argentino Noches de Poesía- delegación alta gracia- y SALAC (Sociedad Argentina de Letras, Artes y ciencias), Nahuel Andres concurrió a Córdoba como invitado especial del encuentro, fué declarado por el Municipio ciudadano ilustre; con tan solo 10 años; lo que también permitió que una de sus obras integre la antología “De Poetas y Escritores”, logro que se suma a su participación en la “Historia de Grandes Pequeños”, edición lograda en el marco de la campaña de promoción y desarrollo de la literatura infantil y juvenil de la República Argentina.

De esta manera y convirtiéndose en un verdadero orgullo para toda su familia, el joven escritor comodorense, sostiene hoy –cuando sólo cuenta con 11 años- una siempre viva inquietud por la literatura, lo que seguramente permitirá fortalecer el conocimiento e interés que siempre demostró tener, desde que comenzó a caminar entre libros y bibliotecas.”
2009- Cursa sus estudios en la ENET Nº 3 “Japón” de San Miguel, aprende, en la escuela a tocar la flauta dulce, destacándose por su oído musical, luego asiste a guitarra, conjuntamente aprende ajedrez, durante 2009 concurre a la feria del Libro llegando a jugar en la Feria del Libro de Buenos Aires con el campeón de 10 años en una partida simultánea con diez competidores, siendo el séptimo eliminado y con un apretón de mano la invitación a concurrir el año que viene a la feria a entablar un partido. Se publica su actividad en el DIARIO CRÓNICA de Comodoro Rivadavia, lugar de nacimiento.
Este año 2010, cursa 2do año en la escuela Técnica Nº 1 "Nuestra Señora del Valle" de la localidad de Muñiz, San Miguel.

Pertenece al Círculo de Ajedrez Miguel Najdorf de Los Polvorines, Malvinas Argentinas.
Es miembro del Grupo Literario Las Letras.
El 5 de Septiembre de 2010 participó en un torneo de Ajedrez Primera Copa de Ajedrez San Miguel y se quedó con el 5to puesto en la categoría Sub-15 realizado por el círculo de Ajedrez de San Miguel; se inscribió representano a su cologio.,

Figura en la página municipal de Malvinas Argentinas como Talento Malvinense en la sección de Cultura.

Actualmente se encuentra participando en un concurso de Blogs, con su sitio, hasta ahora obteniendo el 10mo lugar entre muchos blogeros.


2010- Comienza su segundo año en la escuela Técnica Nuestra Señora del Valle Nro 1 de la localidad de Muñiz.
Concursa en ajedréz representando la escuela, quedando en el quinto lugar, siendo suprimer torneo en ajedréz.
2011- Comienza su tercer año en la escuela Técnica Nuestra Señora del Valle.
Comienza con sus clases de guitarra con el profesor y músico Pablo Lucena, quien lo incentiva a cantar además de ejecutar la guitarra, desde diciembre de 2010 hasta septiembre de 2011, sin suspender en los meses de enero y febrero, meses de vacasiones de verano.
Sus primeros conciertos decide hacerlos en su colegio, donde por primera vez canta y toca la guitarra.
A partir del mes de septiembre comienza sus clases de guitarra con la profesora Elizabeth Merigliano.
En diciembre de 2010 cierran los talleres municipales de San Miguel y ejecuta dos temas; uno acompañado por su profesora y otro acompañando una orquesta violines.

Noviembre 2011- Gana el certamen en poesía de su escuela con el primer premio en la categoría B con su poema El primer beso.
2011- Pasa a cuarto año, eligiendo la especialidad Técnico en Informática, sin adeudar ninguna materia desde que cursa el secundario.